Eelco Kooiker kreeg op jonge leeftijd zijn eerste orgellessen van zijn vader. Op zijn 11e jaar maakte hij de overstap naar klavecimbel en kreeg hij les van Kya Hengstmangers.

In 2001 studeerde hij af aan de Hogeschool van Utrecht in de richting fijnmechanische techniek en vervolgde hij zijn studie aan de Technische Universiteit Eindhoven waar hij in november 2005 afstudeerde.
Naast zijn studie aan de TU/e Eindhoven, volgde hij orgellessen bij Ruud Huijbregts en studeerde hij klavecimbel aan het Brabants Conservatorium bij Remy Syrier. Eelco speelt regelmatig mee in (gelegenheids)ensembles, op festivals waaronder het Oude Muziek Festival Hoorn en hij werkte samen met o.a. Erik van Nevel, Jan Joost van Elburg, Arjan van Baest en Olard Derks. Sinds 2019 is hij als organist verbonden aan de Agnus Dei kerk in Waalre. In 2020 startte hij met de organisatie van de AD concerten.

Hij organiseerde en speelde mee in een concert waarin naast de klavecimbelconcerten voor 3 en 4 klavecimbels van Johann Sebastian Bach ook de Nederlandse première van het concert voor 4 klavecimbels van Gianluca Bersanetti te horen was.

Eelco volgde daarnaast zanglessen bij Ludy Vrijdag en neemt als klavecinist en zanger regelmatig deel aan projecten van het Ariosto Ensemble.

In 2009 richtte hij Ensemble Joyeux op dat zich toelegt op het uitvoeren van Franse barokmuziek waarbij zoveel als mogelijk uit de oorspronkelijke notaties wordt gespeeld.
Samen met Martijn Verbrugh richtte Eelco het continuo-ensemble Profondamente op wat regelmatig kamerkoren, vocale ensembles en solisten begeleid en wat daarnaast eigen projecten organiseert.

Hamburg 1728
La Perfection de la musique
De Passie van Profondamente
Italiaanse meesters uit de barok
Vae Soli
Van treuren & troost
Wie liegt die Stadt so wüste